pandocインストール

sudo port install pandoc

pandoc -r markdown -w latex README.md > README.tex

markdownに無いtexの記法は、texでmarkdown内に書いておけばpandocで変換されずに残る
もしくは、各章をまとめるtexファイルから \include{ページ名} でpandocで作ったtexファイルを読み込めばいい。pandocは本文を書くのにだけ使う。

画像の読み込みとか参照とかどうなるんだろう・・