macで
sudo port install ffmpeg +gpl +lame +x264 +xvid +faac +liogg +vorbis +theora
でchrome, safariのhtml5 video tagで再生できる動画をx264+faacで作る
ffmpeg -i input.mov -s 320x240 -acodec libfaac -ac 2 -vcodec libx264 -vpre default -sameq out.mp4
vorbis+theoraの動画も似た感じでできると思われ